对于卡氏肺囊虫肺炎，它的治疗除了对症治疗和基础病的治疗之外，最主要的是病原学的治疗。对于卡氏肺孢子虫菌选择的药物应该是复方磺胺甲恶唑，它是根据体重分口服或者静脉滴注，一般需要2-3周的时间。如果对磺胺类耐药或者不耐受，也可以选择克林霉素加伯氨喹等药物，或者阿托伐醌等药物。另外就是棘白菌类抗菌药物，如卡泊芬净，它对肺孢子菌效果也比较好。此外，糖皮质激素可以抑制肺孢子菌的炎症反应，降低病死率。对于早期的患者应该使用泼尼松龙40mg，每天分2次口服，连续5天，随后逐渐减量。对于高危人群也可以进行预防性的化学药物治疗。
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