微小核糖核酸病毒性角膜炎具有自限性，多数患者基本可自愈。本病无特效抗病毒药物治疗，应用抗炎药物可缓解症状。
一、一般治疗。
告知患者该疾病传染性强，需避免手眼接触及与人群接触，所接触物品需消毒。无特殊治疗，结膜充血水肿严重者可冷敷或使用血管收缩剂减轻症状。
二、药物治疗。
1、糖皮质激素：严重者可考虑使用，长期滴用或全身应用糖皮质激素，可以引起眼压升高。眼压升高的程度与滴药浓度、频度以及持续用药时间有关。
2、羟卞苯并咪唑：抗微小RNA病毒药抑制人类肠道病毒、柯萨奇病毒、脊髓灰质炎病毒，以便减少或减轻这些病毒并发症。
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