红细胞增多症可以用化学药物进行治疗，主要目的是降低红细胞数、降低血液粘稠度。通常首先阿司匹林抗血板凝集，其次可以选用化学药物治疗控制红细胞数，常用的药物有羟基脲、白消安、高三尖杉酯碱等。
应用这些药物治疗应该定期监测血常规，防止白细胞降得太低，引发感染。
有条件可以应用干扰素，如果有JAK2基因突变可以选用JAK2抑制剂，比如芦可替尼进行治疗。
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