由于手术造成组织的损伤形成瘢痕，可以出现癫痫的后遗症。进行介入微创的栓塞治疗，有时可以导致栓塞的部位不精确，也可以出现神经功能缺损。栓塞海绵窦的时候，可能伤及动眼神经或外展神经，可以引起眼动障碍，出现斜视等等。
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