颅脑形成畸形的原因与神经系统所有的畸形形成原因一样。具体的原因不太清楚，但是与以下几个因素有关，比如基因的问题，遗传的问题，还有先天发育的问题，比如宫内先天发育的情况。宫内先天发育的情况可以受到一些病因的干扰，如毒物、化学品、病毒的感染、细菌的感染、在孕早期放射线的影响还有营养问题等等，都构成形成先天畸形的原因。但对于某个具体病例，很难确定其原因，只能说以上的一些因素对颅脑畸形的形成有相关影响。
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