核磁共振波谱仪可以进行活体组织化学物质的检测，而且没有创伤，没有射线以及辐射的伤害，它可以提供组织的代谢信息，因为很多疾病代谢改变早于形态学的改变，因此波谱的检查有助于疾病的早期诊断。目前核磁共振波谱仪可以用于脑肿瘤的诊断和鉴别诊断、代谢性疾病的脑改变、脑肿瘤治疗后复发与肉芽组织的鉴别，以及脑缺血性疾病的诊断和鉴别诊断、前列腺癌的诊断和鉴别诊断，在弥漫性肝病和肾脏功能检测、肾移植排斥反应等方面也有应用，目前核磁共振波谱仪应用的范围也越来越广。
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